L’animation des forces de la recherche scientifique et de la coopération à l’échelle de l’Université Abdelmalek Essaâdi s’articule autour d’une gouvernance de transition : responsable, transparente et participative impliquant les différentes composantes du pôle recherche scientifique, coopération et partenariat suivant le nouvel organigramme, mais aussi en faisant impliquer dans la prise de décision, les instances consultatives et de gouvernance : conseil de l’université, commission de la recherche scientifique et de la coopération et sous-commissions liées fonctionnant en tant que Think Tank dédié à la recherche scientifique et à la coopération.